Здравствуйте, Татьяна!

Вариант «пеня» («начислить пеню») считается устаревшим, сейчас распространено использование формы «пени» («выплатить пени»).

Изменение по падежам происходит в соответствии с правилами склонения существительных во множественном числе:

И. п. — пени
Р. п. — пеней
Д. п. — пеням
В. п. — пени
Т. п. — пенями
П. п. — о пенях