Здравствуйте!

В данном предложении в главной части можно подставить указательное наречие «так«, поэтому запятая нужна.

Всё будет, как должно быть.

Или:

Всё будет так, как должно быть.

Подробнее о об этом читайте в статьях:

Союз так как: где ставится запятая?

В каких случаях запятая перед как ставится, а в каких — нет?