Здравствуйте!
Дело в том, что «который» — союзное слово. Оно изменяется по падежам и в некоторых из них требует перед собой предлога:

в которых, о котором, с которым, на котором, под которым и т. д.

Запятая в предложениях, где союзное слово употреблено с предлогом, будет стоять перед всем сочетанием. Но здесь необходимо смотреть не на само слово (с предлогом или без), а на разделение двух предложений в составе сложного. Слово «который» присоединяет к основному предложению придаточное определительное, но запятая всегда ставится именно на границе двух предложений:

Особенно Саше понравились глаза девочки, в которых, казалось, плясали смешливые чёртики.

Главное предложение здесь «особенно Саше понравились глаза девочки», а придаточное — «в которых плясали смешливые чёртики».
Союзное слово может стоять и в начале придаточного предложения, и в его середине, поэтому важно определить, где заканчивается основное предложение, чтобы поставить после него запятую.

Сравните:

Никак не найду платье, в котором была на защите диплома.

Запятая стоит перед союзным словом с предлогом, так как с него начинается придаточное.

Важны не социальные пособия и дотации, а эффективные программы по переподготовке кадров, на бесплатное участие в которых смогут рассчитывать безработные.

Запятая стоит на границе главного и придаточного предложений. Союзное слово, находящееся в середине придаточного «на бесплатное участие в которых смогут рассчитывать безработные», запятыми не отделяется.

Более подробно о пунктуации со словом «который» написано в статье: https://pishugramotno.ru/punktuacia/zapyataya-pered-kotoryj-pravila-punktuaczii